Pelaksanaan PPDB SMK Muhammadiyah 2 Mertoyudan akan dilaksanakan dengan sistem real time/online, dengan pengaturan yaitu terbagi pada 3 (tiga) tahap. Pada tahap I penerimaan calon peserta didik baru untuk gelombang satu, tahap II untuk peserta didik gelombang dua dan tahap III untuk peserta didik gelombang tiga (one day service) dilaksanakan mulai bulan Juli 2020.