Kegiatan keagamaan yang dilakukan di SMK Muhammadiyah 2 Mertoyudan meliputi beberapa kegiatan berikut,

1. Gerakan Membaca Al Quran Rabu pagi bagi Kelas X.
2. Kegiatan jam khusus diluar KBM bagi anak-anak dan guru yang belum bisa membaca Al-Qur’an (1 guru pengampu mengampu 4-5 siswa), pengampu tidak hanya guru PAI saja bisa dari guru umum.
3. BTQ untuk kelas X.
4. Pengajian awal bulan.
5. Pengajian jurusan tiap 3 bulan sekali.
6. Kultum siswa selepas Sholat Dzuhur.
7. Sholat Dhuha setiap hari secara berganti.
8. Keputrian.
9. PHBI (Idul Qurban, RFM, Zakat Fitrah, Isro Miraj, dll).
10. Latihan Manasik Haji bagi kelas X, Outting class di Semarang.
11. Persyaratan kenaikan tingkat berkaitan dengan ibadah ( kelas X ke kelas XI: Thoharoh dan Sholat; kelas XI ke XII: Sholat Jenazah, Hafalan).

Dokumentasi Kegiatan: