SMK Muhammadiyah 2 Mertoyudan melaksanakan beberapa kegiatan setiap pagi untuk melatih kedisiplinan taruna-taruni. Kegiatan pagi yang dilakukan di SMK Muhammadiyah 2 Mertoyudan antara lain Latihan Dasar Kedisiplinan bagi para taruna-taruni. Terdapat kegiatan apel pagi bagi para guru dan apel pagi bagi para siswa.